秘密意匠とは、意匠登録出願人が意匠権の設定の登録の日から３年以内の期間を指定して、その期間その意匠を秘密にすることができる制度です（意匠法14条）。先願主義の原則の下、意匠権をいち早く確保しておく必要がある一方で、直ちに当該意匠の実施を行わない場合に意匠公報が発行されることによる第三者の模倣を防止しようとする趣旨によるものです。
現行の運用では、出願と同時に秘密意匠の請求をする場合に加え、意匠登録の契機となる第１年分の登録料の納付と同時に請求する場合にも認められることになっています。審査が出願時の予想よりも早期に終了した結果、秘密意匠の請求の必要が生じたような事態に対処するべく、審査が終了した後にも秘密意匠の請求を可能とするため、平成18年の法改正により導入されました。
具体的な手続きとして、出願と同時に秘密意匠の請求をする場合、意匠登録願における【手数料の表示】の項目の上に【秘密にすることを請求する期間】の項目を設け、3年以内の期間を記入することになります。また、第１年分の登録料の納付と同時に請求する場合、意匠登録料納付書における【納付年分】の項目の上に【秘密にすることを請求する期間】の項目を設け、同じく、3年以内の期間を記入することになります。ただし、登録料の納付については、出願人だけでなく利害関係人もすることができるため、出願人が登録料の納付と同時に秘密意匠の請求を行おうとしても、先に利害関係人によって登録料が納付され、秘密意匠の請求の機会が失われてしまう場合があり得ますので、可能であれば出願時に請求することが望ましいと考えます。※利害関係人が設定の意匠登録料の納付と同時に意匠を秘密にすることの請求を行うことはできません。
一方で、意匠登録出願人又は意匠権者は、秘密にすることを請求した期間を延長し又は短縮することを請求することが認められています（同法14条3項）。具体的な手続きとして、秘密意匠期間変更請求書を提出し、同書面の最下欄に【請求の内容】の項目を設け、「秘密意匠の期間を〇年に変更する。」と記入することになります。※延長又は短縮できる期間はあくまで設定の登録の日から３年以内の期間に限られます。
なお、秘密の請求が行われた場合、設定登録後の最初の意匠公報（いわゆる秘密公報）には、意匠権者の氏名及び住所、出願番号及び出願日、登録番号及び登録日が掲載されるものの、願書及び願書に添付した図面等は掲載されません（同法20条4項）。そして、秘密期間の経過後に遅滞なく前述の願書及び願書に添付した図面等が二回目の意匠公報（いわゆる秘密解除公報）に掲載されることになります（同第4項）。
ただし、先願に係る秘密意匠を引例として拒絶理由通知を受けた第三者や、秘密意匠の権利者から警告等を受けた者などは、特許庁に対して例外的に秘密意匠の内容について、閲覧及び交付の請求をすることができることになっていますので、注意が必要です。
＜特許庁資料より＞ 出願の手続 第六章 出願の補助的手続 第一節 出願書類等の閲覧及び交付